从禅宗思想体系的内涵、结构、核心来看禅宗的基调是以心性论为基点，通过心性修持获得心性升华的心性学说，是一种摆脱烦恼、追求生命自觉和精神境界的文化理想。贯穿于禅宗心性学说、文化思想的本质内容是：自然——内在——超越。
禅宗吸取中国道家的“自然”观念来诠释人的生命自然状态、人的自性。道家把自然规定为万物的本质、本性，是不假人为、自然而然、本来如此的真实存在。“僧家自然者，众生本性也”。(《荷泽神会禅师语录》)禅宗认为，“自然”就是众生本性，也就是佛性。这也就是把佛性界定为自足完满、纯真朴实的生命本然。人的本性既然是自然的，也就是内在的，是内涵于人身的本质性存在，既非外在的神灵所赋予，又非通过超越经验、违背人性的作为所获得的，同时也是各种外在因素所不能消灭的。人的内在自性是生命的主体、成佛的根据。人的现实感性生活是自性的外在作用和体现，人转化为佛是自性的发现，是由此而生的精神境界的显现。人的自性是内在的又是超越的，因为内在本性是清净、圆满、纯朴、觉悟的，是离开一切现象，有别于人的外部表现的。如何实现超越?禅宗认为修禅成佛，就是见性成佛，就是向自己心性去体认，识得自性便成佛道，便是实现了超越。禅宗强调佛就在心中，涅槃就是生命过程之中，理想就是现实生活之中。这样，禅宗就把彼岸世界转移到现实世界，把对未来生命的追求转换为内心反求。由此禅宗反对舍弃现实感性生活扭曲自性去寻求超验，而是强调“佛法在世间，不离世间觉”(《坛经》)，要求在日常生活中发现超越意义，实现理想精神境界。禅宗公案中的“世尊拈花迦叶微笑”(《法演语录》卷下)就是提倡心灵沟通，要求会心体悟。禅宗要求以“饥则吃饭，困则打眠，寒则向火，热则乘凉”(《密庵语录》)中体会禅道，从“青青翠竹，郁郁黄花”(《祖堂集》卷三)中发现禅意。禅宗要求从青山绿水中体察禅味，从人自身的行住坐卧日常生活中体验禅悦，在流动无常的生命中体悟禅境，从而实现生命的超越，精神的自由。
禅宗提倡内在超越，这种超越意识的具体内涵是什么呢?我们认为包括了超越对象、超越方法和超越结果几个方面，这里着重论述超越对象和超越结果。
为了追求解脱，成就佛道，禅宗设计了一套消解人们心灵深处的紧张、矛盾、障碍，超越二元对立的方案。人是自然的一部分，又是从自然中分裂出来的独立实体，向往与自然同样具有永恒性、无限性，向往与自然的同一是人类最深沉、最根本、最强烈的内在愿望。生命现实与美好愿望并非一致，生命短暂与时间永恒、生命个体与空间整体、生命主体与宇宙客体等一系列人类所面临的矛盾，是禅宗的超越对象，超越目标。
人生短暂与宇宙永恒的矛盾最能激发人内在心灵的不安与痛苦。了脱生死大事是佛教也是禅宗的最基本目的。禅宗以“无生”思想来泯灭生死界定，超越生死的时间界限。“几回生，几回死，生死悠悠无定止。自从顿悟了无生，于诸荣辱何忧喜。”(《永嘉证道歌》)“无生”，指一切事物是无实体的、空的，由此也是无生灭变化的。这是要求转变观念，从生灭的现象中看到无生无灭的本质。生灭是短暂的，无生无灭是永恒的，从悠悠生死中了悟无生，就是在短暂中体认永恒，消除短暂与永恒的隔阂。
个体生命的认识和实践等多方面的有限性与宇宙空间的无限性的矛盾，也是引人困惑不安的永恒性课题。禅宗通过无限扩张个体心灵的作用来摆脱个体生命的局限，进而消除有限与无限的矛盾。“心境明，鉴无碍，廓然莹彻周沙界。万象森罗影现中，一颗圆光非内外。”(同上)这是说只要人的心境明净透彻，就能周遍宇宙万物，从而在内心实现泯灭内外的超越，使有限与无限在个体心灵中相即圆融。
由生命与万物、主体与客体的矛盾而引发的物我、有无、是非、善恶、真妄、苦乐等一系列的差别对立，是又一使人产生烦恼、痛苦的根源。这也是禅宗大师们所着力寻求解决的一大问题。他们继承道家的思想，通过直观宇宙本体(道、无)来寻求解决问题的途径。他们宣扬“本来无一物”(《坛经》)、“本来无事”以消解矛盾，称“体诸法如梦，本来无事，心境本寂，非今始空。……既达本来无事，理宜丧己忘情，情忘即绝苦因，方度一切苦厄。”(《禅门师资承袭图》)即一个人了悟万物如梦如幻，一切皆空，做到忘却情欲，超越自我，也就不存在生命与万物、主体与客体的对立了。为此，他们特别强调“无念”的重要性，“念”，指妄念，要求人们不被纠缠于种种差别的妄念所迷惑。
从上面的论述，我们可以看到，禅宗是通过心性、心理、认识、观念等范畴，即在主观精神领域转变生灭的观念，扩大心的作用，泯灭情欲，排除妄念等内在活动来消解人的基本矛盾，排除心灵的紧张，克服人的意识障碍，从而实现自我超越的。