倒霉的阿坤在一个偶然的情况下把妹妹的鞋子弄不见了，为了不要让本来已经有很多经济问题的爸一妈一担心，兄妹俩决定不告诉父母，但是哥哥要尽快解决问题。同时，阿坤和小黑等人是一群喜一爱一踢球的乡村孩童，为了争取代表自己的甘榜参加来临的全国少儿足球赛，他们决定和明顺的队伍结合，共享资源练球，但无奈双方在球艺和战略上都各持己见，最后分道扬镳各练各的。 阿坤因此一时之间面临两个棘手的问题，一是为自己找一双球鞋，二是为妹妹找回她的鞋。偏偏上天又是那么造化弄人，尽管阿坤把找寻妹妹鞋子的事放在第一，可是阿坤却又怎样都找不回妹妹的鞋子。在没有办法的情况下，阿坤只好和妹妹暂时轮换着穿自己仅存的破鞋子去上学。就是因为这样，哥哥经常迟到；而妹妹，就得经常找借口来对付老师所提出的问题。虽然面对明顺球队配备齐全的训练，阿坤和小黑并没有气累。即使没有任何训练的资源，仍然坚持利用各种可行的方式练球，毅力坚定。
辗转反侧，不见的鞋子在一个很偶然的机会下被妹妹发现，它居然就在同校的一位女生的身上。在那个女生得到新的鞋子之后丢掉以前的旧鞋时，妹妹知道了旧鞋子就在垃圾堆里。她和哥哥两个人展开了寻找鞋子的另一次经历。无奈在找到鞋子之后，却眼睁睁看着其中的一个鞋子被暴动的人在他们眼前撕一裂。就好像心里很早之前就埋下的希望、梦想，突然有一天，被别人把你的希望、梦想活活撕一裂。那种心痛，想必是许久之后还 是回隐隐作痛。
在阿坤的父亲有了稳定的工作后，他和父亲一起为杂货店送货给一些有钱人家。这一次，他们拿到了小费。他们很开心，以至于忘记原来送货的自行车是不能开的。在下坡的时候，他们把自行车给摔坏了。这样一来，不仅得到的小费没有了，阿坤的希望也再次破灭。
在另一方面，哥哥挖空心思却仍然无法替妹妹找回鞋子。面临秘密随时都会被揭穿的压力，他在一个很偶然的情况，参加了一个越野比赛。因为第三名的奖品是一双球鞋，哥哥希望用这个奖品来最作为对妹妹的补偿。没想到这次比赛，吸引了全国的运动人才，明顺和同一党一也代表学校出赛。就在比赛当天，哥哥面临最严峻的竞赛，没想到在另一边，妹妹也面临另一个更触一动人心的挑战。但是两人都没有被困难吓倒，哥哥为得到第三名而拼命努力，而妹妹，则为拯救一妈一妈一而坚定不移的踏上了满是玻璃碎的道路。偏偏现实与梦想总是存在那么一点点的差距，哥哥因为意外，没有得到第三名。鞋子，再次与他们擦身而过。
本以为点电一影到这里就会结束，没想到却来了一个转机。之前与阿坤和小黑一直针锋相对的明顺在要离开甘榜的时候各送了阿坤和他妹妹一双鞋子。明顺说他以前一直不清楚没有鞋子的日子是怎样的，所以他当初没理解为什么阿坤那么需要一双鞋子。现在大家都了解对方的难处之后，相处也就变得那么容易了。
“没有鞋子的时候，我们知道问题在哪里。现在有了鞋子，我们知道我们的问题在哪里吗？”影片以这样的一句话作为结尾。这样，大家在一定程度上拥有了自己想要的东西之后，以前的也就成为了过去。之后要启程的，是确立另一个目标，是开始另一种生活。
可以立刻肯定的是，这是一部励志电一影。其实，单片名《跑吧，孩子》就已经隐约透露了影片的情节及情节内涵深层的意蕴。这部新加坡电一影《跑吧孩子》改编自伊朗得奖国际影片《小鞋子》。在这个故事里，要宣扬的，是小孩及兄妹之间最单纯的一爱一，有了一爱一，不管在哪里或跟什么人生活在一起，任何一个角落都会充满一温一情和一温一馨。 当然，影片中也摆明了一个事实，那就是每一次的胜利和失败都不是最后的结局，它只不过是另一个比赛的开始。所以，跑吧！孩子，永不停息！